根据开发者Edmund McMillen，这款游戏涉及到很多对孩童可能带来不利的话题。
游戏最开始的背景交代，以撒和母亲生活在小山丘上的一间小屋里，妈妈看基督教的电视节目，以撒玩玩具画画，生活简单美好。
而有一天，妈妈听见了来自上方的声音，说以撒被罪恶玷污，需要除尽他身边的邪恶之物，于是妈妈夺走了以撒的玩具、画甚至衣服。
然而这个声音又说道以撒需要远离邪恶，于是以撒被关进了小屋。
最后这个声音要求妈妈将以撒献祭以示对自己的忠诚及爱超越了一切。妈妈毫不迟疑，找了一把屠刀，要杀掉以撒。
以撒从门缝看到后惊恐万分，最后发现了通往地下室的活门，毫不犹豫地跳入了充满怪物，黑暗未知的地下室。
打败妈腿后的epilogue结局，以撒被妈妈逼至角落，无力抵抗，准备接受命运，然而神的意志，一本圣经飞出，将妈妈打倒了。
以撒沉醉在胜利的欣喜中时，门被打开，妈妈提着刀的黑影出现在门口。说明了这一切只是以撒的幻想，妈妈并没有被打倒。
而进入游戏前的剧情交代及整个游戏都是建立在以撒的画纸上，尤其是开场白，左下角有以撒的小手，一旁散落着笔和纸，还不时有苍蝇飞过。
说明游戏开始的剧情交代也是以撒的幻想。为什么以撒会画这样一个故事？在这个故事中以撒并没有做错什么，妈妈仅因为听到了“voice from above”的指示，就要杀死以撒，不过这只是以撒的一面之辞而已。
既然开场是以撒的涂鸦，那么让我们从结局入手佐以道具来分析剧情。
从最终结局end 13（重生中为end14）的照片顺序结合其他end开始分析。（重生中end14最后会有宝箱和the end的字样证明这就是最终结局）
第一张，全家福，照片上的以撒、爸爸、妈妈开心地笑着。
第二张，妈妈和一个小女孩，小女孩应该是以撒的妹妹maggy（游戏中有个道具sister Maggy，是一个红色的小跟班）。
关卡间的小动画有一张是妈妈送给了以撒礼物——女孩的假发，以撒戴上之后很高兴，但遭到了其他小孩的嘲笑，哭了起来。
由此可见妈妈是很想要一个女儿的，但maggy没有出生，妈妈流产了。
为什么？游戏中第七层和第八层的迷宫叫做womb，第八层boss是妈妈的心脏，不过打败妈心多次后，会有一个结局，妈心变成了It lives！。
It lives已经有了人形，根据womb推测，它很有可能就是maggy，而以撒在冒险中杀死了它，这说明以撒和妈妈的流产有关系，以撒期望着或者直接造成了It lives的死亡。
所以第二张照片上的小女孩应该是男扮女装的以撒。
第三张，以撒不开心，后面有一个疯狂的黑影。从黑影体型来看，应该是以撒。
参照重生的一个结局（以撒找到道具 衣架，带到头上）会发现和黑影头部角状物非常像，推测这应该是以撒被母亲虐待的写照。
游戏中有着很多这种道具，比如腰带（增加移动速度，为什么？想想应该明白）。
但令人印象最深刻的还是Cat o' nine tails，以撒拿到这个道具后，头部有明显的多道血痕，还有道具Tough Love， 有几率发射牙齿。
妈妈为什么虐待以撒，根据以撒自己构想，妈妈是受宗教影响，不过这一点应该是真实的。
母亲受宗教影响认为自己在使以撒免于堕落，但事实上从两作前期结局（均有一个是以撒找到了绳子，上吊了）可见以撒有自杀倾向，尝试过自杀。
第四张，妈妈和爸爸手牵手笑着；第五张，以撒独自一人，撅着嘴。从这两张可见，以撒已经变得郁郁寡欢，讨厌母亲，畏惧母亲，照相也不愿意在一块。
从第四张之后爸爸就没再出现过，推测应该是爸爸和妈妈离婚了。
游戏中和爸爸有关的有三件，首先爸爸作为boss，名为Daddy Long Legs。
搜索一下这个名字，最常见的是由Jean Webster的小说改编1919年的由Mary Pickford出演的默片电影Daddy-Long-Legs ，而百度百科剧情概要是34岁的离婚老爸，渴望着每半年一次把儿子们带回家生活的两周幸福时光。（百度百科剧情概要与wiki有出入）
另外是道具，爸爸的爱，爸爸的脚协助攻击敌人。爸爸的钥匙，开启所有的门（可以强制离开战斗）。可见以撒对爸爸还是有好感的，虽然有时候爸爸也很讨厌（作为boss），但爸爸是爱以撒的。
第六张，以撒捂着脸，蹲坐着，背靠宝箱。第七张，妈妈一脸凶相，提着刀，要杀人的样子。
以撒为什么捂着脸？推测以撒做了某些不应该的事，甚至是不可挽回的事，导致妈妈要杀他的事，最有可能的就是导致了maggy的死亡。
end11，以撒打败撒旦，发现一切角色都是自己，钻入了宝箱。
end12，以撒读完圣经，发现镜中的自己是恶魔，暗示以撒确实有罪的。end 5，以撒被妈手捉入宝箱中，说明母亲是导致以撒进入宝箱的直接原因。
作者表明end 11（以撒进入宝箱）在end 10（以撒发现小蓝人）之前。小蓝人"???"就是快要窒息而死的以撒。
小蓝人和以撒的属性相同，小蓝人打败妈心后以撒会获得D6，爸爸的腿不会攻击以撒和小蓝人，获得一个道具，记不清了似乎是什么十字架，以撒死后以小蓝人状态复活。
为什么小蓝人初始道具是便便呢？在小蓝人状态的时候，以撒已经在箱子里很久了，对，一直没有从箱子里出去，懂？
关卡中的敌人，蜘蛛，蛆虫，苍蝇，还有便便就是箱子内部的环境写照。（游戏含有很多黑色幽默，不仅有很多普通便便，还有稀有的黄金便便和彩虹便便……）
说到敌人，就得提一下Gaper，这种和以撒很像的怪物。这应该是欺负以撒的那些孩子，以撒在自己的幻想中将他们打倒。
在关卡间的小动画中可知以撒经常被同学欺负，经常哭泣但从没有反抗。但这不代表以撒就甘愿接受这一切，以撒在自己幻想中将这些怪物还有妈妈，撒旦包括自己全部都打败了。
打败妈心后可以选择上天到大圣堂或者下地狱去打撒旦。在重生中这两部分是完全对立且对称的。
这代表结局的两个走向，即这个游戏有两个结局。
一个是到大圣堂战胜自己和小蓝人，注意以撒和小蓝人被打败后是从宝箱中飞出，意指以撒从箱子中出去了，尽管自己是有罪的，外面的世界是残酷的，但以撒战胜了自己， 全家福最后一张照片 ，妈妈牵着以撒的手。
另一个由重生中补充完整，以撒击败lamb，end 15,妈妈到处也找不到以撒，发布了一条寻人启事，秋风落叶中，一个背影一直在屋外等候着。
最终以撒打败了超级撒旦，end 16，以撒在宝箱中 ，流泪哭泣的以撒和笑着的恶魔azazel之间不断切换，最终以撒成了恶魔，以撒的确做了，但他并不后悔，似乎还很高兴。
俗话说兔子急了也咬人，善良柔弱的以撒成了比撒旦还可怕的恶魔。最终以撒窒息而死。
Lost代表以撒的确是死掉了。
原版的卡片中 小蓝人的卡片是emperor ，还是在强调这些都是以撒的幻想，以撒是这一切的王吗？
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