根據開發者Edmund McMillen，這款遊戲涉及到很多對孩童可能帶來不利的話題。
遊戲最開始的背景交代，以撒和母親生活在小山丘上的一間小屋裏，媽媽看基督教的電視節目，以撒玩玩具畫畫，生活簡單美好。
而有一天，媽媽聽見了來自上方的聲音，說以撒被罪惡玷污，需要除盡他身邊的邪惡之物，於是媽媽奪走了以撒的玩具、畫甚至衣服。
然而這個聲音又說道以撒需要遠離邪惡，於是以撒被關進了小屋。
最後這個聲音要求媽媽將以撒獻祭以示對自己的忠誠及愛超越了一切。媽媽毫不遲疑，找了一把屠刀，要殺掉以撒。
以撒從門縫看到後驚恐萬分，最後發現了通往地下室的活門，毫不猶豫地跳入了充滿怪物，黑暗未知的地下室。
打敗媽腿後的epilogue結局，以撒被媽媽逼至角落，無力抵抗，準備接受命運，然而神的意志，一本聖經飛出，將媽媽打倒了。
以撒沉醉在勝利的欣喜中時，門被打開，媽媽提着刀的黑影出現在門口。說明了這一切只是以撒的幻想，媽媽並沒有被打倒。
而進入遊戲前的劇情交代及整個遊戲都是建立在以撒的畫紙上，尤其是開場白，左下角有以撒的小手，一旁散落着筆和紙，還不時有蒼蠅飛過。
說明遊戲開始的劇情交代也是以撒的幻想。爲什麼以撒會畫這樣一個故事？在這個故事中以撒並沒有做錯什麼，媽媽僅因爲聽到了“voice from above”的指示，就要殺死以撒，不過這只是以撒的一面之辭而已。
既然開場是以撒的塗鴉，那麼讓我們從結局入手佐以道具來分析劇情。
從最終結局end 13（重生中爲end14）的照片順序結合其他end開始分析。（重生中end14最後會有寶箱和the end的字樣證明這就是最終結局）
第一張，全家福，照片上的以撒、爸爸、媽媽開心地笑着。
第二張，媽媽和一個小女孩，小女孩應該是以撒的妹妹maggy（遊戲中有個道具sister Maggy，是一個紅色的小跟班）。
關卡間的小動畫有一張是媽媽送給了以撒禮物——女孩的假髮，以撒戴上之後很高興，但遭到了其他小孩的嘲笑，哭了起來。
由此可見媽媽是很想要一個女兒的，但maggy沒有出生，媽媽流產了。
爲什麼？遊戲中第七層和第八層的迷宮叫做womb，第八層boss是媽媽的心臟，不過打敗媽心多次後，會有一個結局，媽心變成了It lives！。
It lives已經有了人形，根據womb推測，它很有可能就是maggy，而以撒在冒險中殺死了它，這說明以撒和媽媽的流產有關係，以撒期望着或者直接造成了It lives的死亡。
所以第二張照片上的小女孩應該是男扮女裝的以撒。
第三張，以撒不開心，後面有一個瘋狂的黑影。從黑影體型來看，應該是以撒。
參照重生的一個結局（以撒找到道具 衣架，帶到頭上）會發現和黑影頭部角狀物非常像，推測這應該是以撒被母親虐待的寫照。
遊戲中有着很多這種道具，比如腰帶（增加移動速度，爲什麼？想想應該明白）。
但令人印象最深刻的還是Cat o' nine tails，以撒拿到這個道具後，頭部有明顯的多道血痕，還有道具Tough Love， 有幾率發射牙齒。
媽媽爲什麼虐待以撒，根據以撒自己構想，媽媽是受宗教影響，不過這一點應該是真實的。
母親受宗教影響認爲自己在使以撒免於墮落，但事實上從兩作前期結局（均有一個是以撒找到了繩子，上吊了）可見以撒有自殺傾向，嘗試過自殺。
第四張，媽媽和爸爸手牽手笑着；第五張，以撒獨自一人，撅着嘴。從這兩張可見，以撒已經變得鬱鬱寡歡，討厭母親，畏懼母親，照相也不願意在一塊。
從第四張之後爸爸就沒再出現過，推測應該是爸爸和媽媽離婚了。
遊戲中和爸爸有關的有三件，首先爸爸作爲boss，名爲Daddy Long Legs。
搜索一下這個名字，最常見的是由Jean Webster的小說改編1919年的由Mary Pickford出演的默片電影Daddy-Long-Legs ，而百度百科劇情概要是34歲的離婚老爸，渴望着每半年一次把兒子們帶回家生活的兩週幸福時光。（百度百科劇情概要與wiki有出入）
另外是道具，爸爸的愛，爸爸的腳協助攻擊敵人。爸爸的鑰匙，開啓所有的門（可以強制離開戰鬥）。可見以撒對爸爸還是有好感的，雖然有時候爸爸也很討厭（作爲boss），但爸爸是愛以撒的。
第六張，以撒捂着臉，蹲坐着，背靠寶箱。第七張，媽媽一臉兇相，提着刀，要殺人的樣子。
以撒爲什麼捂着臉？推測以撒做了某些不應該的事，甚至是不可挽回的事，導致媽媽要殺他的事，最有可能的就是導致了maggy的死亡。
end11，以撒打敗撒旦，發現一切角色都是自己，鑽入了寶箱。
end12，以撒讀完聖經，發現鏡中的自己是惡魔，暗示以撒確實有罪的。end 5，以撒被媽手捉入寶箱中，說明母親是導致以撒進入寶箱的直接原因。
作者表明end 11（以撒進入寶箱）在end 10（以撒發現小藍人）之前。小藍人"???"就是快要窒息而死的以撒。
小藍人和以撒的屬性相同，小藍人打敗媽心後以撒會獲得D6，爸爸的腿不會攻擊以撒和小藍人，獲得一個道具，記不清了似乎是什麼十字架，以撒死後以小藍人狀態復活。
爲什麼小藍人初始道具是便便呢？在小藍人狀態的時候，以撒已經在箱子裏很久了，對，一直沒有從箱子裏出去，懂？
關卡中的敵人，蜘蛛，蛆蟲，蒼蠅，還有便便就是箱子內部的環境寫照。（遊戲含有很多黑色幽默，不僅有很多普通便便，還有稀有的黃金便便和彩虹便便……）
說到敵人，就得提一下Gaper，這種和以撒很像的怪物。這應該是欺負以撒的那些孩子，以撒在自己的幻想中將他們打倒。
在關卡間的小動畫中可知以撒經常被同學欺負，經常哭泣但從沒有反抗。但這不代表以撒就甘願接受這一切，以撒在自己幻想中將這些怪物還有媽媽，撒旦包括自己全部都打敗了。
打敗媽心後可以選擇上天到大聖堂或者下地獄去打撒旦。在重生中這兩部分是完全對立且對稱的。
這代表結局的兩個走向，即這個遊戲有兩個結局。
一個是到大聖堂戰勝自己和小藍人，注意以撒和小藍人被打敗後是從寶箱中飛出，意指以撒從箱子中出去了，儘管自己是有罪的，外面的世界是殘酷的，但以撒戰勝了自己， 全家福最後一張照片 ，媽媽牽着以撒的手。
另一個由重生中補充完整，以撒擊敗lamb，end 15,媽媽到處也找不到以撒，發佈了一條尋人啓事，秋風落葉中，一個背影一直在屋外等候着。
最終以撒打敗了超級撒旦，end 16，以撒在寶箱中 ，流淚哭泣的以撒和笑着的惡魔azazel之間不斷切換，最終以撒成了惡魔，以撒的確做了，但他並不後悔，似乎還很高興。
俗話說兔子急了也咬人，善良柔弱的以撒成了比撒旦還可怕的惡魔。最終以撒窒息而死。
Lost代表以撒的確是死掉了。
原版的卡片中 小藍人的卡片是emperor ，還是在強調這些都是以撒的幻想，以撒是這一切的王嗎？
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