煙霧彈
在對馬島之魂中，主角仁從頭到尾都是使用家傳的長短一對武士刀境井家刀爲主武器，並不會更換使用其他武士刀或武器（可自訂外觀）。這對武士刀可以透過收集物資請刀匠升級強化，刀上還可以安裝護符來強化特定能力。防具分爲頭部、臉部與身體三部分，其中成套的盔甲可以收集物資請匠人升級強化，其他則無法強化。
武士刀的攻擊分爲☐鈕的輕攻擊與△鈕的重攻擊，前者出招快速但容易被招架，後者緩慢但力道大能破防，而且會依照當下的架式（後述）對特定類型的敵兵有剋制效果。此外△鈕的攻擊還可以長按來變招。
L1鈕爲招架，按住就會自動招架敵人的攻擊。當敵人攻擊瞬間招架的話可以彈回敵人攻擊、同時施展致命反擊。不過要注意並不是所有敵人的攻擊都能招架，當遇到無法招架的攻擊時，會以紅色的光芒來提示，此時只能透過左類比搖桿 ◯鈕以閃避的方式避開。後續隨著技能升級，仁能招架下來的攻擊會變多。
除了主武器的武士刀之外，仁還能使用多種副武器戰鬥，其中區分成投射武器與隨手武器兩種。投射武器屬於手動操作的武器，使用時需自行瞄準發射。隨手武器則是在肉搏戰中隨手發出的武器，按下R1鈕就會自動朝目前面對的敵人射出，不需瞄準。兩者可以透過按住L2或R2鈕、以方向鍵或按鈕來切換。
一開始取得的投射武器是同樣屬於武士標準配備的半弓，可以從遠距離狙殺敵人，不過會消耗箭矢。弓與武士刀一樣，可以收集物資請弓匠來升級強化。其他投射武器還包括擲出後爆炸震撼周遭敵人的黑火藥炸彈、能讓敵人中毒癱瘓或是瘋狂的吹箭以及擲出後能吸引敵人注意的風鈴（可升級鞭炮）。
最先取得的隨手武器是苦無，一種用來投擲的短標，與敵人對峙時射出可以收到奇襲或震撼的效果。此外還有可以隱蔽自己身形伺機暗殺敵人的煙霧彈與擲出後會黏在敵人身上爆炸的黏性炸彈。
包括武士刀、盔甲、半弓等可以升級的武器，以及各種消耗物品如箭矢、苦無、炸彈的儲存空間，都可以使用物資來請專門的匠人升級擴充。物資的取得主要就是透過探索過程的收集，以及完成任務的報酬。
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