烟雾弹
在对马岛之魂中，主角仁从头到尾都是使用家传的长短一对武士刀境井家刀为主武器，并不会更换使用其他武士刀或武器（可自订外观）。这对武士刀可以透过收集物资请刀匠升级强化，刀上还可以安装护符来强化特定能力。防具分为头部、脸部与身体三部分，其中成套的盔甲可以收集物资请匠人升级强化，其他则无法强化。
武士刀的攻击分为☐钮的轻攻击与△钮的重攻击，前者出招快速但容易被招架，后者缓慢但力道大能破防，而且会依照当下的架式（后述）对特定类型的敌兵有克制效果。此外△钮的攻击还可以长按来变招。
L1钮为招架，按住就会自动招架敌人的攻击。当敌人攻击瞬间招架的话可以弹回敌人攻击、同时施展致命反击。不过要注意并不是所有敌人的攻击都能招架，当遇到无法招架的攻击时，会以红色的光芒来提示，此时只能透过左类比摇杆 ◯钮以闪避的方式避开。后续随著技能升级，仁能招架下来的攻击会变多。
除了主武器的武士刀之外，仁还能使用多种副武器战斗，其中区分成投射武器与随手武器两种。投射武器属于手动操作的武器，使用时需自行瞄准发射。随手武器则是在肉搏战中随手发出的武器，按下R1钮就会自动朝目前面对的敌人射出，不需瞄准。两者可以透过按住L2或R2钮、以方向键或按钮来切换。
一开始取得的投射武器是同样属于武士标准配备的半弓，可以从远距离狙杀敌人，不过会消耗箭矢。弓与武士刀一样，可以收集物资请弓匠来升级强化。其他投射武器还包括掷出后爆炸震撼周遭敌人的黑火药炸弹、能让敌人中毒瘫痪或是疯狂的吹箭以及掷出后能吸引敌人注意的风铃（可升级鞭炮）。
最先取得的随手武器是苦无，一种用来投掷的短标，与敌人对峙时射出可以收到奇袭或震撼的效果。此外还有可以隐蔽自己身形伺机暗杀敌人的烟雾弹与掷出后会黏在敌人身上爆炸的黏性炸弹。
包括武士刀、盔甲、半弓等可以升级的武器，以及各种消耗物品如箭矢、苦无、炸弹的储存空间，都可以使用物资来请专门的匠人升级扩充。物资的取得主要就是透过探索过程的收集，以及完成任务的报酬。
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