開幕-201號道路&真砂鎮&雙葉鎮
再一次從向北走出城鎮，沿着201號道路一路向東走到真砂鎮，少年就等在研究所門口。少年告訴我們自己名叫明輝（コウキ），是博士的孫子[選擇男性主角則這裏是博士的孫女小光（ヒカリ）]。突然，勁敵又從裏面衝了出來抱怨博士是個怪老頭，於是自己向東離開了。進入後進入後博士將之前的寶可夢正式贈予我們，這裏可以選擇暱稱。
拜託我們完成全部的神奧寶可夢圖鑑，我們也欣然接受。這之後，我們也正式開始圖鑑的收集工作。
出門後明輝會帶主角認識各處的設施，包括PC中心，商店等。介紹完畢後，明輝讓我們向家人報告一下狀況。
再一次回家一趟，媽媽會贈送我們冒險筆記（ぼうけんノート）。
而勁敵的媽媽也急匆匆地跑來說自己的孩子太過冒失，塞給我們一個包裹（おとどけもの）讓我們交給勁敵。
自此，我們也告別媽媽和溫暖的家，正式開始神奧地區的冒險。臨走的時候，媽媽還把帽子交給了我們。
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目錄
第1页：開幕-雙葉鎮
第1页：大地圖
第1页：開幕
第1页：雙葉鎮
第2页：開幕-201號道路&心齊湖
第3页：開幕-201號道路&真砂鎮&雙葉鎮
第4页：到黑金道館-真砂鎮&202號道路
第5页：到黑金道館-祝慶市
第6页：到黑金道館-203號道路&黑金閘口
第7页：到黑金道館-黑金市
第8页：到黑金道館-黑金道館
第9页：到百代道館-祝慶市
第10页：到百代道館-荒蕪小道&204號道路
第11页：到百代道館-索諾鎮
第12页：到百代道館-205號道路&谷間發電廠
第13页：到百代道館-索諾花田
第14页：到百代道館-谷間發電廠
第15页：到百代道館-205號道路
第16页：到百代道館-百代森林
第17页：到百代道館-百代市
第18页：到百代道館-百代道館
第19页：到帷幕道館-百代市
第20页：到帷幕道館-206&207號道路&天冠山
第21页：到帷幕道館-208號道路
第22页：到帷幕道館-綠緣市
第23页：到帷幕道館-209號道路
第24页：到帷幕道館-隨意鎮
第25页：到帷幕道館-210號道路南側&215號道路
第26页：到帷幕道館-帷幕市
第27页：到帷幕道館-帷幕道館
第28页：到溼原道館-帷幕市
第29页：到溼原道館-214號道路
第30页：到溼原道館-立志湖畔&213號道路
第31页：到溼原道館-溼原市
第32页：到溼原道館-溼原道館
第33页：到家緣道館-溼原市
第34页：到家緣道館-210號道路（北側）
第35页：到家緣道館-神和鎮
第36页：到家緣道館-家緣道館
第37页：到水脈道館-祝慶市&218號道路
第38页：到水脈道館-水脈市
第39页：到水脈道館-鋼鐵島
第40页：到水脈道館-水脈道館
第41页：到第七道館
第41页：心齊湖/神事湖
第41页：211號道路&天冠山（北側）
第41页：216號道路&217號道路&睿智湖畔/英知湖畔
第41页：切峯市/金岬市
第41页：切峯道館/金岬道館
第42页：到第八道館
第42页：帷幕市
第42页：天冠山（南側）
第42页：槍之柱
第42页：222號道路
第42页：濱海市/名木市
第42页：濱海道館/名木道館
第43页：到冠軍之路
第43页：冠軍之路
第44页：到一週目通關
第44页：蟲系天王 阿柳
第44页：地面系天王 菊野
第44页：火系天王 大葉/奧巴
第44页：超能系天王 悟松/五洋
第44页：冠軍 竹蘭/白菜/希羅娜
