前言:怎麼沒人討論死亡細胞的劇情呢，儘管遊戲側重的點並不是劇情，但也蠻有意思的，不過我也不會把推敲的點一一介紹，單純講一個故事吧
故事發生在一座小島上，這裏飽受殖民者統治的壓迫，在萬衆期待下，一位勇者出現了，他帶領小島上的居民，同他的左膀右臂，即後來的國王之手和巨人，同心協力，將殖民者驅逐出境，給小島帶來了自由和安寧，而這位勇者，也在衆望所歸中成爲了這個小島的國王。
他是備受愛戴的王，他是所有人的榜樣，人民崇敬他，在各地都爲他建立了雕像。他與巨劍一族交好，建立鐘樓與時間守護者達成協議，整個小島都在朝着更好的方向發展。但是，人的野心是無法捉摸的，王也不例外，他開始沉溺於追求荒誕的永生，放任鍊金師的研究，併爲了煉製賢者之石，派遣大量勞工前往山洞開採水晶，兇險與未知吞噬着一個又一個生命。鍊金師最初的研究以屍體爲實驗對象，發現沒有任何效果後，死者的屍體便被隨意丟棄在墓地，這或許就是這場災難的根源。
水晶廢棄物與屍體產生了莫名的反應，不知名的液體開始侵染墓地，植物在這影響之下，開始朝着不好的方向產生變化，變異的植物帶着那未知的威脅到處蔓延，庇護所無從倖免，下水道被滲透侵蝕，疫病，開始席捲整個王國。
我們的王顯然沒有發現這一點，他的永生幻想還未實現，既然死人沒反應，那麼活人呢？所以，永生實驗的矛頭對準了牢房中的囚犯。與此同時 ，疫病的不斷蔓延，出現了一頭長着巨大魔眼的怪物，隨之誕生的還有諸多怪物，更糟糕的是，異變產生了，甚至那些死去的軀體也有了反應。
國王注意到了這一變化，或許是出於傲慢，王並未將那頭魔眼怪物殺死，而是將其束縛，困於深深的地下。此時，疫病的傳染已相當嚴重，大量的觸手怪物橫行無忌，本就污穢不堪的下水道此時更仿若人間地獄，而生活在其中的老鼠也產生了異變，同時攜帶着大量病毒又回到了牢房之中，牢中的囚犯——人，也感染了。
事態的發展不可遏制，國王下令封鎖了監獄，並命令典獄長看守黑色大橋——這條聯通村子與監獄的唯一通路，禁止任何人的進出。讓人未曾想到的是，典獄長竟私底下允許村人進出監獄探親，是典獄長溫情尚在法開一面，還是他僅僅貪戀那些錢財?這些，已經不重要了，疫病，開始肆虐整個小島。
港灣很快爆發了疫病，那些與囚犯有過接觸的村民最先異變，朝着怪物的方向變化，爲了補救又或是出於其他目的，國王下令將所有感染疫病的村人關到監獄中去，違者極刑處死。
國王的強硬舉措，疫病的未知恐懼，重重壓在民衆身上，自然而然的，反抗出現了。而巨人，國王曾經的夥伴，對於國王盲目追求永生的一系列舉措大爲不滿，遂毅然加入反抗的行列，他卻不曾想到，曾經的那個王，那個備受愛戴的，至高無上的王，竟然用詭計暗算了他，至此，巨人便在牢房中陷入沉睡。
儘管反抗很快就被鎮壓了，但疫病的傳播無從抵擋，越來越多的人被感染，越來越多的人死去，墓地很快不夠用了，在此之下，藏骨堂被開闢了，屍體又被扔到這裏，但疫病癒來愈惡劣，甚至那些已經死去的人又重新在屍堆中爬起，成爲了無知無畏的行屍走肉。
此時的王國已經死亡的邊緣徘徊，國王帶着少數人躲進了城堡。另一邊，鍊金師暫時擱置永生實驗的研究，開始着手解決疫病，隨着不斷的研究，他發現災難的源頭並不是畸形的怪物，而是另有它物，最後他發現源頭是那些變異的植物，而釀造出這些的恰恰是當初自己丟棄的實驗廢物！！！愧疚的鍊金師想要拯救這一切，他想研製出一種可以解決一切疫病的藥物——萬靈藥。
研發萬靈藥需要進行大量實驗，大量的活體實驗，爲了王國的存續，許多人甘願成爲鍊金師的試驗品，慢慢地就有人發現這一切的災難或許都與鍊金師有關，而此時的鍊金師不知是被感染還是在逐漸黑化，他已經開始主動解剖活人了！！！
由於是倉促之間躲進了城堡，物資沒有那麼充裕，食物很快不夠了，城堡中的人開始以人肉爲食，＂曾經的輝煌和榮光已經遠離了山巔＂。
終於，我們的王也被感染了，或許是喫人肉的原因，或許是疫病已經滲透進城堡的原因，但是鍊金師的萬靈藥也是始終沒有突破性進展，於是他向國王獻上了另一個方法——人造人。
在鍊金術、植物以及各種特殊細胞的參與下，鍊金師煉製出了人造人的容器，即我們熟悉的那一坨綠綠的東西。隨後，鍊金師用賢者之石保存國王肉體，毫不知情的王手則守衛在王座前，斬殺一切妄圖加害王的存在。王的靈魂在結合人造人容器時卻出了差錯，靈魂與肉體的分離讓他失去了所有的記憶，這也便是我們操控的主角毫無目的流轉於各地的原因了。
早在疫病暴發時，典獄長就已感染，而後離奇消失，如今黑色大橋上卻多了一個看守者，阻截着來往的人;御用園藝師受困於疫病，逃出城堡後不知所蹤，陰森墓園中卻多了一片玫瑰花海，在其中有一個神祕的稻草人靜靜等待;王后對國王失望至極，憤怒的斬斷壁畫，爲了繼續守衛王國，她也接受了人造人改造，協同僅剩的三個僕從一起，離開城堡，前往燈塔，成爲阻止疫病氾濫的最後一層屏障。
鍊金師的萬靈藥還未結束，在時間守護者的幫助下，我們操控的主角一次次的輪迴給鍊金師帶來了大量的細胞素材，時間守護者也並未放棄，一次次干擾時間企圖阻止疫病的出現，但顯然作用不大。
終於，在一次輪迴中，鍊金師終於煉製出了萬靈藥，此時的他早已忘記了萬靈藥的本來目的，只自顧自的喝下，爲了擊敗黑化的鍊金師，我們也不得不將所剩無幾的萬靈藥盡數吞入。戰鬥結束，再次回到王座前，靈魂與肉體終於融合，我們的王，回來了， 坐在空蕩蕩的王座上，周圍的城堡早已滿目瘡痍，永生的目的實現了，但此刻卻盡是空虛。
不久，王座前又來了另一個人，似乎就是曾經的自己，於是，在時間守護者的安排下，我們又陷入了輪迴之中······
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