遊戲中一共有三種護符，分別是防止昏倒時遺失道具用的替身護符，讓人身體強壯不容易昏倒的安全護符，不容易陷入寶可夢異常狀態的健康護符。
寶可夢傳說：阿爾宙斯中的道具護符在遊戲中並不是一次性的，玩家使用護符最多可以使用三次就是上限了，護符的作用就是擁有它之後，據說會更容易遇見發光寶可夢的神奇閃光護符。
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