如何完成故事模式
首先，從遊戲故事的大概講起。故事發生在黑色星期五，一種類天花病毒Green Poison(以下簡稱G病毒)在紐約曼哈頓爆發，整個紐約陷入癱瘓，我們作爲第二批全境特工，出動來解決這次危機。
那麼製造G病毒並擴散的兇手是誰呢?兇手就是戈登·阿默斯特(以下簡稱戈登)和病毒學家維大力·契爾年科(以下簡稱維大力)。這2人一起研究開發了G病毒並使其在紐約擴散。
證明他們2是元兇的證據很多。首先，天花病毒已經滅絕，G病毒又是天花病毒的人工變種，所以G病毒的開發者需要能接觸到天花病毒，從維大力的錄音資料中可以知道現今世界僅存的天花病毒被保存在美國疾管局和西伯利亞的國家病毒暨生物技術學中心，維大力在後者工作，戈登也曾到後者做過一年交換研究。所以2人都是能接觸到天花病毒的人。
有人會問爲什麼排除疾管局泄露天花病毒的可能，這點可以從叛變特工亞倫·基納(以下簡稱亞倫)的錄音6中得知，亞倫並沒有收到任何關於疾管局遭盜竊或者破壞的消息，反而2個都曾在生物技術學中心工作過的人在黑色星期五時都在紐約。
雖然G病毒維大力和戈登研究並散播，但是2人的出發點完全不同。戈登是個性格孤僻的人，他的思想比較極端，認爲科技毒害了地球，他要開發一種病毒加快自然的淘汰法則，這些可以從病毒進度報告5中看出來;維大力出發點是爲了出名，他想開發一種人人懼怕的病毒，而且只有他掌握解決的辦法，這些信息可以從維大力的錄音中得出。在錄音中維大力在病毒爆發期想要進行過演講報告，並且有意將事件元兇推給戈登，更是提出要參與G病毒研究和解決措施。
最初感染的是一對情侶喬爾和凡妮莎(這是從倖存者日記錄音中提到的一對情侶，女方感染G病毒最終死去)，感染媒介就是美元。爲什麼是美元呢?這裏就要提一下暗冬計劃。
美國知名的「暗冬行動(Operation Dark Winter)」與「51號政令(Directive 51)」，美國在2001年一次稱之爲「黑色寒冬」的演習，實際模擬當病毒發生大規模流行的實際結果，證實美國一旦發生類似危機，五天內從人民、交通、電力、民生，到美國經濟與秩序將全面崩盤。當人們被飢餓與絕望侵佔，人們將會爲了生存不惜一切。到最後，每個人都將成爲潛在危險，等於宣告美國將進入內部動亂時期。
「黑色寒冬」的演習，證實美國的繁榮只不過是建立在一個龐大、複雜、難以掌控又脆弱的體制上，就像是用紙牌建立的高塔般，一旦抽掉其中一張牌，一切將會全面崩落。爲了防範未然，美國在2007年祕密通過一項被稱爲「51 號政令」的指令，這政令包括美國政府在防範「黑色寒冬」類似事件發生時，將如何應對的措施，傳言政府從祕密基地、機關，到潛伏的臥底探員都做了全面的安排
在遊戲中摧毀美國這個經濟體的就是美元。社會秩序崩塌了，51號政令啓動。什麼是51號政令?就是在社會體制崩壞，所有系統無法運作的情況下，原本潛伏於人羣中的特工將出來解決這些問題，他們擁有所有特權，可以指揮任何軍事單位包括個人，直屬美國總統管理。
51號政令現在共啓動了2批特工，我們是第二批，現在來揭祕第一批特工動向。第一批特工結局分爲3種:戰死，就是在行動過程中被敵方殺害;叛變，在無秩序的社會，一部分特工選擇叛變，執行他們自認爲的正義;藏匿，剩下的特工爲了避免被叛變特工的迫害和對當局的死心，選擇藏匿於暗區。
第一批特工爲何會叛變和藏匿，這一切的根源就在暗區。暗區是G病毒最早開始爆發的地方，第一批特工也是被派往暗區查明事情真相的，但是G病毒擴散實在太快，而且缺乏有效的控制手段，所以美國當局選擇建立圍牆，把病毒爆發區域圍起來，包括裏面的事物和人，這就是現在的暗區。在暗區的所有人都是被政府拋棄的，他們在裏面自生自滅，得不到政府一點援助。這就是促使部分第一批特工叛變的原因(可以從監測資料第二部影片的對話中知道)。
遊戲中我們會發現20名失蹤特工，這裏的失蹤意思是活不見人，死不見屍，凡是能找到屍體的都不算失蹤。失蹤特工裏有一名叫亞倫·基納的就是叛變特工的領袖。
亞倫·基納，代號大黃蜂，從一部分ECHO影像中可以看到亞倫的心路歷程。亞倫剛開始也是一名盡職的特工，在保護一羣暗區民衆的時候，亞倫請求支援撤退，但是總部回絕了他的請求。後來亞倫殺死了一羣用挖掘機吊起聯合作戰部隊士兵的賴克幫衆，但是他卻任由那個士兵自生自滅。再到後來他處決了一名站在失去意識女子旁的男子，到最後處決了被倖存者部隊俘虜的特工。亞倫從對當局的失望到最後開始執行他自認爲的正義。
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