尼爾：機械紀元
4198年，最後一個人類靈魂消散，存活下來的人類只有之前和複製品成功結合的一小部分。
5012年，地球被外星人(！！！)入侵，太空大戰就此展開。埃米爾成功複製了超過8500多萬個自己以抵抗外星人。機器生命逐漸佔領地球，機械紀元中的機器生命正是由外星人所操控的。
之後的數千年機器人被製造出來抵抗外星人侵略卻是節節敗退。11939年第十四次機械大戰爆發，殘存的人類逃離到月球表面，製造出了YoRHa(2B就是 YoRHa No.2 Type B)部隊。機械紀元的故事就此展開。
YoRHa部隊目前確定的成員有,2B, A2, 9S。 之前的預告片YoRHa指揮官最後說了一句話：你們就是YoRHa僅存的兩名成員了
常年的戰爭使各地民不聊生，2025年第一個“複製人”誕生。複製人是爲了解決靈魂分離後的人類醒來失去肉體的情況。2030年紅眼在耶路撒冷被殺，失去首領的軍團很快不復威脅。
然而WCS的傳播仍未停止，2032年民衆終於同意了Gesalt計劃。機器人被製造出來看護人類。製造出來的複製體免疫WCS並被賦予了最基本的智能。次年Grimoire計劃實施，旨在存放人類的靈魂到一個書一樣的容器中。
Grimoire計劃下13本書被造了出來，頭兩部被分別命名白之書與黑之書。如果它們被同時啓動人類就會立即在複製品體內被喚醒。之後科學家發現被剝離的靈魂如果在幽魂狀態下持續太久會失去理智最終發狂，唯一的預防措施只有從一個剝離成功後的靈魂抽取出固態瑪索。黑之書被認爲擁有最高几率製造出這種原型Gestalt, 於是數本黑之書的克隆被製造出來。
黑之書的克隆被分發給乞丐和窮人希望能找到一個原型Gestalt,尼爾和他的妹妹也拿到了一本，然而看到不少與黑之書籤訂契約的人被剝離後的靈魂暴走，尼爾帶着妹妹逃離了新宿。
然而尼爾的妹妹尤娜染上了WCS, 世界淨化阻止允諾尼爾如果他願意自己的靈魂被抽取成爲Gastalt,他們會冰封尤娜直到1000年後Gestalt計劃徹底成功。爲了拯救尤娜，尼爾和黑之書籤訂了契約，他成爲了原型Gestalt和魔王向Gestalt計劃持續提供瑪索。
2764年，在機器人指令下不停與軍團戰鬥以及清除瑪索殘餘的複製人逐漸產生了自我意識。
3276年，一個想要拯救愛人的複製人帶着愛人的屍體去了紅眼被殺死的地方，耶路撒冷，希望那兒殘留的白色迷霧能讓他的愛人復活。從霧中出來的愛人眼睛卻變成了紅色，並且瞬間殺了這名青年，新一代紅眼就此誕生。
3287年， 復活的紅眼持續進攻複製人，然而有着一名機器人和4名複製人的小隊經過艱苦戰鬥最終除掉了紅眼，同時地球上最後一點瑪索殘餘也被清除成功，淨化成功結束。
3288年，淨化後人類靈魂逐漸甦醒，然而當他們找到自己的複製體想要植入靈魂時，複製人卻把這些靈魂當成怪物(他們的外表就是shade)，人類(shade)和複製人的大戰就此展開。然而也有少數機器人管理者統治的地方複製人成功接受了人類的存在，並且讓他們在自己體內被喚醒，而這些人也成爲了機械紀元裏僅存人類的祖先(推測)。
3300~，儘管有尼爾提供瑪索，沒有找到身體的人類靈魂還是不停狂化，見此情況尼爾日漸懷疑尤娜究竟能不能被治好,他決定自己採取行動
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