巫女的劇情是分線進行的，劇情梗概如下：

一、大致分路

二、人柱線

三、幽婚線

四、結局分析

一、大致分路

整個遊戲大致分爲了兩個方向。一個是人柱，這個路線由夕莉負責；另一個則是幽婚，由蓮負責；第三位主角深羽則起到一個溝通作用，因爲她兩邊都有涉及到。三條主線，彼此交織，八種結局。故事發生在現代，但在放生蓮線，放生蓮和麻生博士角色重合，回到江戶時代，上演了一場跨越時空的思戀。大背景爲日上山，這個地方連接夜泉（黃泉），彼岸花開，花開彼岸，是現世和隱世的邊境。

二、人柱線

人柱路線，即是讓玩家以夕莉的身份去解開濡鴉的巫女們與日上山信仰之間的關係，通過冰見野冬陽，我們知道了重複死前一刻的亡者，他們會這樣都是因爲夜泉的 詛咒；通過百百瀨春河，我們知道了封入匪中的巫女，是用來鎮住夜泉的人柱。雖說是人柱，卻並不是讓她們去死，而是讓她們無限接近於死，從而對死有極高的抗性，這也是濡鴉的巫女們在完成看取，填滿內心後的任務。也因此，這一代被封入匪的人，都活着被救出來，雖然春河後來還是悲劇了。

三、幽婚線

而幽婚路線，則由蓮這一方來完成，從他調查噩夢，見到憑弔照片，再到進入渡會宅、結之家，整個過程都是在誘導他完成幽婚，而他也一步步帶領我們去解開幽婚的祕密。夾在這兩條路線之間的，則是深羽尋找母親的這條線，她的專屬章節雖然很少，但卻很重要，因爲這些章節有效的將夕莉和蓮這兩條路線關聯在了一起。這讓兩條一開始看起來聯繫並不緊密的線顯示出了它們之間的真正聯繫。

四、結局分析

放生蓮的結局得看他有沒有麻生博士的記憶，如果只是放生蓮的視角，必然因爲對陌生事物的恐懼，而拿起手中的相機，結局自然進入逢世或白菊的badend。在過場CG裏提到白菊和幼年麻生曾躲藏在神社的角落，後來還因爲麻生的主動離開而傷心，但白菊心裏始終都想讓時間停止在那一刻；也提到逢世和麻生博士一見鍾情，在分開後都抱有強烈的不捨和深深思念，兩個人等着一個不可能再有的重逢機會；逢世或白菊都把放生蓮當做麻生博士，說明放生蓮與麻生博士並非毫無關係，放生蓮很可能繼承了麻生博士的宿命和思念，終於被喚醒的思念使得兩人角色重合，結局進入逢世或白菊的goodend。白菊的goodend與白菊的願望是相對應的，反轉的劇情卻沒有照顧白菊的感受，終於沒有得到解脫，自始至終的悲劇成分，使得故事更加悲傷。逢世的goodend與逢世和麻生博士的宿命是相對應的，宿命讓兩個人離開而且不可能再重逢，但是愛情故事往往追求有情人終成眷屬，戲劇性的結局治癒了兩個主角也治癒了多數的觀衆，也是最理想化的結局。

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