二週目簡要攻略
在一週目通關之後，木蘭博士會來到主角的家中給予主角【大師球（捕捉任何寶可夢都是100%捕捉）】。
在對戰塔（前洛茲大樓）可以領取神獸【屬性：空】。
奪冠後，在機擎市車庫下面可以學習【鐵蹄光線】。
在戰競鎮中心廣場左邊的賓館二層，電梯左邊的房間，與警察對話，進行比試，戰勝之後獲得【圓形護符】。
前往赫普家二樓可以拾取一個精靈球，精靈球裏放着小火龍。
前往傳溯鎮，在廣場右邊可以與販賣道具的男人對話獲得【究極球】。
在水舟鎮，燈塔旁的寶可夢樂隊可以觀看通關動畫。
對戰塔開放，在對戰塔達到3級後，可以解鎖盒子評定功能。
宮門市競技場可以再次進行淘汰賽，刷錢刷經驗。
劇情後來到之前拾取劍盾道具的微寐森林深處會看到赫普。雙方又進行了戰鬥，戰鬥結束後索妮亞出現，她告訴二人她已經是博士了，對話結束後獲得【索妮亞的書】。
接下來把借來的劍盾放回原處。就在這時，出現了兩個男人，這兩個人一個劍髮型一個盾髮型。他們兩個一個叫索德（sword）一個叫西爾迪（shield）。兩人搶走了剛剛歸還的劍盾。然後會進行戰鬥（戰鬥前記得回覆狀態）。之後兩人跑掉。
之後前往木杆鎮的研究所找索妮亞，索妮亞會讓主角追擊二人，也就是再去打一遍所有道館（這裏不用擔心，不需要再解謎了，並且都是極巨團戰，並且赫普每次都可以極巨化主角不可以）。
最後在拳關市樓頂，會與封面神獸進行戰鬥，戰鬥結束後進入對話，對話完成後與另一隻神獸對話進入捕捉狀態（建議使用大師球捕捉）。
獲得神獸之後，去微寐森林找到赫普，赫普在這裏收服了另一隻封面神獸。然後準備和他進行最後一次的切磋。
戰鬥結束後，赫普決定自己要當寶可夢博士（暗示下一代赫普是博士？）。此時丹帝、聶梓以及劍盾髮型男出現，紛紛告訴了主角自己接下來的去向。
這樣二週目也就完結了。
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