水舟鎮
到達水舟鎮之後，可以去寶可夢中心購買一些道具，然後把皮卡丘放到首發（如果御三家選得敲音猴就直接用敲音猴首發就可以了）。
繼續向前走，會看到洛茲會長正在給大家簽名，旁邊還站着之前在礦山和主角有衝突的彼特。洛茲告訴主角，如果戰勝了水系道館的關注，會爲主角舉辦慶功宴。
從祕書所在飯店對面的臺階向下走。
到了下面的廣場，在紅圈處可以拾取【磁鐵】（給皮卡丘帶上這個道具，就可以橫掃水系道館了）；旁邊坐着的小姐姐處可以用【泡沫栗鼠】交換【木棉球】；在右側的攤位可以購買道具。
一直向右走，到碼頭，可以在下圖位置獲得【貝殼之鈴】。拾取後，回到寶可夢中心，從寶可夢中心右邊的路向上走。
到了下圖的岔路，向左邊的臺階腳下可以拾取【萬靈藥】，然後向右走（左邊是列車車站，沒收集品）。
來到道館門口，不要急着進去，而是向右繼續走。
下了臺階後，向左走，到達釣魚臺，在紅圈處拾取【捕網球*5】。
拾取後，向右走，在垃圾桶旁邊可以拾取【好傷藥*2】。
在燈塔下面會見到水系道館館主露璃娜，對話會獲得她的聯盟卡。獲得之後，在燈塔後防的死角獲得【招式學習器82“電網”】。至此水舟鎮全道具收集完畢，準備進入水系道館，進行挑戰。
水舟競技場
進入競技場後，還是和精靈球腦袋的大哥對話，獲得【誘餌球】。
之後就可以開始挑戰道館任務了，下面是解謎關卡，這個解謎關卡分爲紅色、黃色、藍色按鈕，每按下一次，出水口就會變動一次。
第一步：向右走，按下1號紅色按鈕，走到1號黃色按鈕處按下1號黃色按鈕，返回再按下1號紅色按鈕，之後沿着箭頭走到2號紅色按鈕處。
第二步：前往2號黃色按鈕處按下2號黃色按鈕，繞回2號紅色按鈕並按下，沿着箭頭一直向左走走到盡頭。
第三步：到盡頭後一直向下走，按下3號黃色按鈕，然後去按3號紅色按鈕，最後按1號藍色按鈕，就可以完成水系道館的挑戰了。
完成道館任務後，就可以見到關注露璃娜了，露璃娜全部都是水系寶可夢，利用草系和電系精靈可以輕鬆戰勝。
露璃娜寶可夢信息如下：
| 地區 | 道館 | 徽章 |
|---|---|---|
| 舟鎮 | 水舟競技場 | 40px水之徽章 |
| 館主 | 屬性 | 寶可夢 |
| 露璃娜 | 水 | 角金魚（22級） 刺梭魚（23級） 暴噬龜（24級） |
戰勝露璃娜之後獲得綠之徽章和【招式學習器36“潮旋”】、【水之套裝】，就可以捕捉30級以下的寶可夢，控制40級以下的寶可夢了。
從道館出來，就會遇到洛茲的祕書奧莉薇，她告訴主角會長已經在防波亭海鮮餐廳等待主角了，並且給予主角【洛茲的聯盟卡】，這時就可以去寶可夢中心右邊的防波亭海鮮餐廳找到會長了。
到了餐廳發現索妮亞也在，幾人開始喫飯，洛茲希望索妮亞去拳關市的寶物庫瞭解關於極巨化的信息。之後洛茲就離開了，索妮亞也送給主角【招式學習器79“報仇”】。
出門之後就會遇到赫普，他告訴主角接下來要回到機擎市挑戰火屬性道館館主卡蕪，並且透露的卡蕪在第二礦山特訓的小道消息。所以現在要穿過第二礦山前往機擎市。
這時可以去狂野地帶的瞭望塔舊址、美納斯湖北岸進行寶可夢的捕捉了。
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