冥灘
在末日來臨前，人類社會科技高度發達，利用覆蓋全國的無線網絡，將生活在不同地區的人民緊密相連。一位名爲布麗吉特的女子在手術中經歷了瀕死體驗，首次發現“冥灘”的存在，她的肉體（赫）和靈魂（卡）一分爲二，成爲擁有引發末日能力的滅絕體，分離出來的靈魂便是亞美莉。
不久之後，全球各地開始出現離奇的“虛爆”現象，科學家發現一種被命名爲“開羅爾”的全新物質，迅速擴散到大氣之中，阻斷了一切通訊信號，並頻繁引發能夠讓加速物體老化的“時雨”，人類社會因此分崩離析，倖存者們被迫遷徙至地下生活。
布麗吉特想用“冥灘”幫助人類避免滅絕，便成立布里吉斯公司，與克羅福（拔叔）一同研究BB和開羅爾網絡，試圖重新恢復人們之間的連接。當她發現自己的使命是毀滅世界，決定殺死察覺真相的克里福，卻不小心誤殺BB實驗體原型——這個BB就是本作的主角山姆。
亞美莉不忍看到BB慘死，便在冥灘用滅絕體的能力將他復活，打破了生與死的界限，因此引發第一次死亡擱淺現象，導致BT入侵現實世界。布麗吉特收養了復活的山姆，並利用BB實驗數據研製出探測器，與亞美莉分別前往各地重建網絡，並自稱爲美國的新總統。
後來布麗吉特患上癌症，世界狀況愈發糟糕，心灰意冷的亞美莉故意被恐怖分子組織——極端狂人抓住，實際上卻希望世界加速滅亡。瀕死的布麗吉特找到山姆，希望他去尋找亞美莉，完成重建美國的使命，遊戲就此展開。
在故事的最後，洞悉一切真相的玩家（山姆）可以選擇讓亞美莉直接毀滅世界，也可以讓她暫時不要發動死亡擱淺，看看人類能否頑強生存下去。
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