從“旅途伊始”、“神祕的寶可夢”、“前往桌臺市”、“抵達學院”、“學院課堂一”開始到“擊敗仙后”、“冠軍之路-挑戰聯盟”、“歸鄉之路”結束，完整劇情順序如下圖所示。【朱/紫】爲開放世界，玩家可以在地圖內自由探索，“傳說之路、冠軍之路、星塵之路”三條路線均可成爲貫穿本作劇情的主線，沒有固定的攻略順序，在等級相差不大能夠通關的情況下可以自由選擇。
冠軍之路：與前作類似，打完八個道館最終成爲冠軍的路線；傳說之路：擊敗寶主寶可夢，獲得特殊調味料並解鎖封面神獸騎乘能力的路線；星塵之路：挑戰潛藏在學校的反派天星隊（類似火箭隊）並最終擊敗BOSS的路線。
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在寶可夢朱紫中，伊布的八種進化形態實力排名分爲四個梯隊，如下所示：
在《寶可夢朱紫》中一共有8只准神，其中沒有計算包含悖論種形態和未進化形態只按最終形態算。8只准神具體介紹如下：
1、在寶可夢朱紫中，暴鯉龍是一隻水屬性與飛行屬性的寶可夢，特性是威嚇，圖鑑編號是#135，暴鯉龍推薦配招是【咬碎 龍之舞 攀瀑 冰凍牙】，這套招式可以大大增強寶可夢的作戰與輸出能力
1、在寶可夢朱紫中，多龍梅西亞是一隻龍與幽靈屬性的寶可夢，弱點是冰、幽靈、龍、惡和妖精屬性，其推薦配招是【龍尾 流星羣 替身 咬住】，這套招式可以大大增強寶可夢的作戰與輸出能力。
打開地圖，然後找到紅光閃爍的黑色問號，或者在地圖中找到出現寶可夢外形的地區，這些都是出現寶可夢大量的提示。
寶可夢：朱/紫中野蠻鱸魚無法進化。
圈圈熊在滿月的夜晚使用泥炭塊進化爲月月熊，月月熊無法再進化。
1、在寶可夢朱紫中，烈空坐是一隻龍與飛行屬性的寶可夢，特性是氣閘，其推薦招式搭配是【破壞光線 逆鱗 暴風 龍之波動】，這套招式可以大大增強烈空坐的作戰與輸出能力。
信使鳥的商店購買，打開地圖，來到桌臺市左側的位置。
1、路卡利歐的性格推薦固執/開朗，特點精神力量，推薦配招：飛膝踢 咬碎 冷凍拳 神速/火花踢/巖崩；劍舞 飛膝踢 咬碎 冷凍拳/火花踢/巖崩/神速/神速。
