該遊戲講述了機器人2B、9S和A2的故事，以及他們爲奪回遭強大機械生命體佔領、由機器驅動的反烏托邦而進行的戰鬥。
人類已經被來自另一個世界的機械生命體趕出了地球。爲了奪回地球，人類抵抗軍孤注一擲，派遣了一支人形機器人士兵軍隊，以摧毀入侵者。現在，機械生命體和人形機器人之間的戰爭開始了……而這場戰爭可能很快就將揭開一個早已被遺忘的世界真相。
《尼爾：機械紀元》故事發生在和前作相同的世界，重新設立一個全新的故事劇情，和1代幾乎沒有關聯，劇情與《龍背上的騎兵3》有關聯。
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1、賢者機械是二週目的隱藏劇情任務，在廢墟都市可以找到三個機械賢者，9s就是在入侵後開始發生變化。賢者機械需要廢墟都市塌陷後才能遇到，第一個在中央的鐵塔上，位置如下圖所示：
1.三個輔助機分別是輔助機a，輔助機b，輔助機c，輔助機a是自帶的。
尼爾機械紀元中搜索9s的位置，是在完成水沒都市的主線任務後觸發的新任務，需要找到失蹤的9S，就必須在任務中需要擊敗boss亞當，尋找9S步驟如下：
答：此爲二週目支線任務 step1.（此任務一週目可以領取，但城門首先是關閉，就需要繞一大段路，二週目做的話就非常方便）
1.來到下圖位置。
機械博士投資值得。在完成第五章的主線之後，和機械博士對話有一個投資的選擇。投資簡單來說就是給錢，將銅幣提交給博士可以獲得一定的經驗和隨機道具的獎勵。當玩家的總投資達到了十萬之後，博
尼爾機械紀元steam名字是NieR:Automata，玩家需要在搜索框輸入英文名纔可以找到。
玩家可以通過打獵獲取，打野豬和鹿都會掉落，但是打鹿掉落的快一些；如果找不到的話，玩家可以去森林城堡正門入口旁邊小側道那裏有很多。
《尼爾：機械紀元》的switch版本支持中文。該遊戲於2022年10月6日登陸switch平臺，遊戲不僅支持簡體中文也支持繁體中文，且switch版包含了DLC內容。
核心玩家收集後可以販賣給商店NPC，三週目都通關後就可以賣掉換獎盃或者武器；玩家可以通過擊敗黃金機械生命體來獲得機械生命體的核心。
