序章——登校日、巖系寶主、蟲系道館、草系道館、飛行寶主、惡系幫班、電系道館、火系幫班、鋼系寶主、水系道館、毒系幫班、一般道館、幽靈道館、地面寶主、超能道館、冰系道館、妖精幫班、龍系寶主、格鬥幫班、精靈聯盟(冠軍之路)、傳說之路、星辰之路、冠軍之路、歸鄉。
主線總共包含三條路線:傳說之路、冠軍之路、星塵之路。冠軍之路:與前作類似,打完八個道館最終成爲冠軍的路線;傳說之路:擊敗寶主寶可夢,獲得特殊調味料並解鎖封面神獸騎乘能力的路線;星塵之路:挑戰潛藏在學校的反派天星隊(類似火箭隊)並最終擊敗BOSS的路線。
【朱/紫】爲開放世界,玩家可以在地圖內自由探索,以上三條路線均可成爲貫穿本作劇情的主線,沒有固定的攻略順序,在等級相差不大能夠通關的情況下可以自由選擇。
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