二週目比一週目多了評定系統，道館館主和天星隊BOSS平均等級更高，可以獲得大師球，可以捕捉故勒頓和密勒頓等等
1、二週目解鎖評定系統，與寶可夢中心的姐姐交談，即可查看寶可夢個體值的評定系統。
2、二週目可與道館館主和天星隊BOSS再次戰鬥，第二次戰鬥時他們的平均等級都在Lv65，比一週目強很多。
3、二週目解鎖校內最強大賽「激鬥校園大戰」，可以與各道館館主、勁敵（妮莫）、派帕等本作中登場過的主要NPC對戰。
4、二週目再次前往第零區的最深處，可以看到故勒頓和密勒頓的戰鬥形態，與其戰鬥即可捕捉。
5、二週目會出現古代種/未來種的寶可夢。
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在寶可夢朱紫中，伊布的八種進化形態實力排名分爲四個梯隊，如下所示：
在《寶可夢朱紫》中一共有8只准神，其中沒有計算包含悖論種形態和未進化形態只按最終形態算。8只准神具體介紹如下：
1、在寶可夢朱紫中，暴鯉龍是一隻水屬性與飛行屬性的寶可夢，特性是威嚇，圖鑑編號是#135，暴鯉龍推薦配招是【咬碎 龍之舞 攀瀑 冰凍牙】，這套招式可以大大增強寶可夢的作戰與輸出能力
1、在寶可夢朱紫中，多龍梅西亞是一隻龍與幽靈屬性的寶可夢，弱點是冰、幽靈、龍、惡和妖精屬性，其推薦配招是【龍尾 流星羣 替身 咬住】，這套招式可以大大增強寶可夢的作戰與輸出能力。
打開地圖，然後找到紅光閃爍的黑色問號，或者在地圖中找到出現寶可夢外形的地區，這些都是出現寶可夢大量的提示。
寶可夢：朱/紫中野蠻鱸魚無法進化。
1、在寶可夢朱紫中，烈空坐是一隻龍與飛行屬性的寶可夢，特性是氣閘，其推薦招式搭配是【破壞光線 逆鱗 暴風 龍之波動】，這套招式可以大大增強烈空坐的作戰與輸出能力。
圈圈熊在滿月的夜晚使用泥炭塊進化爲月月熊，月月熊無法再進化。
信使鳥的商店購買，打開地圖，來到桌臺市左側的位置。
1、路卡利歐的性格推薦固執/開朗，特點精神力量，推薦配招：飛膝踢 咬碎 冷凍拳 神速/火花踢/巖崩；劍舞 飛膝踢 咬碎 冷凍拳/火花踢/巖崩/神速/神速。
