《寶可夢朱紫》二週目大致流程爲視察八個道館戰勝八個館主，然後參與激鬥校園大賽，最後還可以開啓6星太晶團體戰。詳細介紹如下：
一、道館巡查戰
一週目結束後會從校園房間內醒來，收得到通知前往校長室。首席冠軍也慈會邀請我們幫助她視察八個道館，也就是要再次挑戰八個道館。同時在這裏校長也會說要舉辦校園大賽。之後出發前往挑戰八個道館即可，所有館主會派上等級更高寶可夢來對戰，所有的道館寶可夢等級都是65級以上。打完八個道館後回到校園，和也慈對話後可以得到王者之證。
二、激鬥校園大賽
完成道館巡查戰後在宿舍的牀上休息，妮莫就會前來通知我們參與校園大賽，之後前往學校大廳報名參賽。激鬥校園大賽需要先和三名訓練家對戰（校園老師，派帕），打贏後再與首席冠軍也慈對戰，四名訓練家的寶可夢等級在65級~70級之間。完成對戰後可以獲得獎品運動帽。（二週目內容基本結束）
三、開啓六星太晶團體戰
挑戰完八個道館和完成校園大賽後，吉尼亞老師會打來電話說出現強力的太晶團體戰。結束電話後參與10次四星及以上的太晶團體戰，完成後吉尼亞老師會再打電話來說出現黑色結晶就可以開啓六星太晶團體戰。
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