如何完成故事模式
首先，从游戏故事的大概讲起。故事发生在黑色星期五，一种类天花病毒Green Poison(以下简称G病毒)在纽约曼哈顿爆发，整个纽约陷入瘫痪，我们作为第二批全境特工，出动来解决这次危机。
那么制造G病毒并扩散的凶手是谁呢?凶手就是戈登·阿默斯特(以下简称戈登)和病毒学家维大力·契尔年科(以下简称维大力)。这2人一起研究开发了G病毒并使其在纽约扩散。
证明他们2是元凶的证据很多。首先，天花病毒已经灭绝，G病毒又是天花病毒的人工变种，所以G病毒的开发者需要能接触到天花病毒，从维大力的录音资料中可以知道现今世界仅存的天花病毒被保存在美国疾管局和西伯利亚的国家病毒暨生物技术学中心，维大力在后者工作，戈登也曾到后者做过一年交换研究。所以2人都是能接触到天花病毒的人。
有人会问为什么排除疾管局泄露天花病毒的可能，这点可以从叛变特工亚伦·基纳(以下简称亚伦)的录音6中得知，亚伦并没有收到任何关于疾管局遭盗窃或者破坏的消息，反而2个都曾在生物技术学中心工作过的人在黑色星期五时都在纽约。
虽然G病毒维大力和戈登研究并散播，但是2人的出发点完全不同。戈登是个性格孤僻的人，他的思想比较极端，认为科技毒害了地球，他要开发一种病毒加快自然的淘汰法则，这些可以从病毒进度报告5中看出来;维大力出发点是为了出名，他想开发一种人人惧怕的病毒，而且只有他掌握解决的办法，这些信息可以从维大力的录音中得出。在录音中维大力在病毒爆发期想要进行过演讲报告，并且有意将事件元凶推给戈登，更是提出要参与G病毒研究和解决措施。
最初感染的是一对情侣乔尔和凡妮莎(这是从幸存者日记录音中提到的一对情侣，女方感染G病毒最终死去)，感染媒介就是美元。为什么是美元呢?这里就要提一下暗冬计划。
美国知名的「暗冬行动(Operation Dark Winter)」与「51号政令(Directive 51)」，美国在2001年一次称之为「黑色寒冬」的演习，实际模拟当病毒发生大规模流行的实际结果，证实美国一旦发生类似危机，五天内从人民、交通、电力、民生，到美国经济与秩序将全面崩盘。当人们被饥饿与绝望侵占，人们将会为了生存不惜一切。到最后，每个人都将成为潜在危险，等於宣告美国将进入内部动乱时期。
「黑色寒冬」的演习，证实美国的繁荣只不过是建立在一个庞大、复杂、难以掌控又脆弱的体制上，就像是用纸牌建立的高塔般，一旦抽掉其中一张牌，一切将会全面崩落。为了防范未然，美国在2007年秘密通过一项被称为「51 号政令」的指令，这政令包括美国政府在防范「黑色寒冬」类似事件发生时，将如何应对的措施，传言政府从秘密基地、机关，到潜伏的卧底探员都做了全面的安排
在游戏中摧毁美国这个经济体的就是美元。社会秩序崩塌了，51号政令启动。什么是51号政令?就是在社会体制崩坏，所有系统无法运作的情况下，原本潜伏于人群中的特工将出来解决这些问题，他们拥有所有特权，可以指挥任何军事单位包括个人，直属美国总统管理。
51号政令现在共启动了2批特工，我们是第二批，现在来揭秘第一批特工动向。第一批特工结局分为3种:战死，就是在行动过程中被敌方杀害;叛变，在无秩序的社会，一部分特工选择叛变，执行他们自认为的正义;藏匿，剩下的特工为了避免被叛变特工的迫害和对当局的死心，选择藏匿于暗区。
第一批特工为何会叛变和藏匿，这一切的根源就在暗区。暗区是G病毒最早开始爆发的地方，第一批特工也是被派往暗区查明事情真相的，但是G病毒扩散实在太快，而且缺乏有效的控制手段，所以美国当局选择建立围墙，把病毒爆发区域围起来，包括里面的事物和人，这就是现在的暗区。在暗区的所有人都是被政府抛弃的，他们在里面自生自灭，得不到政府一点援助。这就是促使部分第一批特工叛变的原因(可以从监测资料第二部影片的对话中知道)。
游戏中我们会发现20名失踪特工，这里的失踪意思是活不见人，死不见尸，凡是能找到尸体的都不算失踪。失踪特工里有一名叫亚伦·基纳的就是叛变特工的领袖。
亚伦·基纳，代号大黄蜂，从一部分ECHO影像中可以看到亚伦的心路历程。亚伦刚开始也是一名尽职的特工，在保护一群暗区民众的时候，亚伦请求支援撤退，但是总部回绝了他的请求。后来亚伦杀死了一群用挖掘机吊起联合作战部队士兵的赖克帮众，但是他却任由那个士兵自生自灭。再到后来他处决了一名站在失去意识女子旁的男子，到最后处决了被幸存者部队俘虏的特工。亚伦从对当局的失望到最后开始执行他自认为的正义。
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