巫女的剧情是分线进行的，剧情梗概如下：

一、大致分路

二、人柱线

三、幽婚线

四、结局分析

一、大致分路

整个游戏大致分为了两个方向。一个是人柱，这个路线由夕莉负责；另一个则是幽婚，由莲负责；第三位主角深羽则起到一个沟通作用，因为她两边都有涉及到。三条主线，彼此交织，八种结局。故事发生在现代，但在放生莲线，放生莲和麻生博士角色重合，回到江户时代，上演了一场跨越时空的思恋。大背景为日上山，这个地方连接夜泉（黄泉），彼岸花开，花开彼岸，是现世和隐世的边境。

二、人柱线

人柱路线，即是让玩家以夕莉的身份去解开濡鸦的巫女们与日上山信仰之间的关系，通过冰见野冬阳，我们知道了重复死前一刻的亡者，他们会这样都是因为夜泉的 诅咒；通过百百濑春河，我们知道了封入匪中的巫女，是用来镇住夜泉的人柱。虽说是人柱，却并不是让她们去死，而是让她们无限接近于死，从而对死有极高的抗性，这也是濡鸦的巫女们在完成看取，填满内心后的任务。也因此，这一代被封入匪的人，都活着被救出来，虽然春河后来还是悲剧了。

三、幽婚线

而幽婚路线，则由莲这一方来完成，从他调查噩梦，见到凭吊照片，再到进入渡会宅、结之家，整个过程都是在诱导他完成幽婚，而他也一步步带领我们去解开幽婚的秘密。夹在这两条路线之间的，则是深羽寻找母亲的这条线，她的专属章节虽然很少，但却很重要，因为这些章节有效的将夕莉和莲这两条路线关联在了一起。这让两条一开始看起来联系并不紧密的线显示出了它们之间的真正联系。

四、结局分析

放生莲的结局得看他有没有麻生博士的记忆，如果只是放生莲的视角，必然因为对陌生事物的恐惧，而拿起手中的相机，结局自然进入逢世或白菊的badend。在过场CG里提到白菊和幼年麻生曾躲藏在神社的角落，后来还因为麻生的主动离开而伤心，但白菊心里始终都想让时间停止在那一刻；也提到逢世和麻生博士一见钟情，在分开后都抱有强烈的不舍和深深思念，两个人等着一个不可能再有的重逢机会；逢世或白菊都把放生莲当做麻生博士，说明放生莲与麻生博士并非毫无关系，放生莲很可能继承了麻生博士的宿命和思念，终于被唤醒的思念使得两人角色重合，结局进入逢世或白菊的goodend。白菊的goodend与白菊的愿望是相对应的，反转的剧情却没有照顾白菊的感受，终于没有得到解脱，自始至终的悲剧成分，使得故事更加悲伤。逢世的goodend与逢世和麻生博士的宿命是相对应的，宿命让两个人离开而且不可能再重逢，但是爱情故事往往追求有情人终成眷属，戏剧性的结局治愈了两个主角也治愈了多数的观众，也是最理想化的结局。

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