二周目简要攻略
在一周目通关之后，木兰博士会来到主角的家中给予主角【大师球（捕捉任何宝可梦都是100%捕捉）】。
在对战塔（前洛兹大楼）可以领取神兽【属性：空】。
夺冠后，在机擎市车库下面可以学习【铁蹄光线】。
在战竞镇中心广场左边的宾馆二层，电梯左边的房间，与警察对话，进行比试，战胜之后获得【圆形护符】。
前往赫普家二楼可以拾取一个精灵球，精灵球里放着小火龙。
前往传溯镇，在广场右边可以与贩卖道具的男人对话获得【究极球】。
在水舟镇，灯塔旁的宝可梦乐队可以观看通关动画。
对战塔开放，在对战塔达到3级后，可以解锁盒子评定功能。
宫门市竞技场可以再次进行淘汰赛，刷钱刷经验。
剧情后来到之前拾取剑盾道具的微寐森林深处会看到赫普。双方又进行了战斗，战斗结束后索妮亚出现，她告诉二人她已经是博士了，对话结束后获得【索妮亚的书】。
接下来把借来的剑盾放回原处。就在这时，出现了两个男人，这两个人一个剑发型一个盾发型。他们两个一个叫索德（sword）一个叫西尔迪（shield）。两人抢走了刚刚归还的剑盾。然后会进行战斗（战斗前记得回复状态）。之后两人跑掉。
之后前往木杆镇的研究所找索妮亚，索妮亚会让主角追击二人，也就是再去打一遍所有道馆（这里不用担心，不需要再解谜了，并且都是极巨团战，并且赫普每次都可以极巨化主角不可以）。
最后在拳关市楼顶，会与封面神兽进行战斗，战斗结束后进入对话，对话完成后与另一只神兽对话进入捕捉状态（建议使用大师球捕捉）。
获得神兽之后，去微寐森林找到赫普，赫普在这里收服了另一只封面神兽。然后准备和他进行最后一次的切磋。
战斗结束后，赫普决定自己要当宝可梦博士（暗示下一代赫普是博士？）。此时丹帝、聂梓以及剑盾发型男出现，纷纷告诉了主角自己接下来的去向。
这样二周目也就完结了。
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