水舟镇
到达水舟镇之后，可以去宝可梦中心购买一些道具，然后把皮卡丘放到首发（如果御三家选得敲音猴就直接用敲音猴首发就可以了）。
继续向前走，会看到洛兹会长正在给大家签名，旁边还站着之前在矿山和主角有冲突的彼特。洛兹告诉主角，如果战胜了水系道馆的关注，会为主角举办庆功宴。
从秘书所在饭店对面的台阶向下走。
到了下面的广场，在红圈处可以拾取【磁铁】（给皮卡丘带上这个道具，就可以横扫水系道馆了）；旁边坐着的小姐姐处可以用【泡沫栗鼠】交换【木棉球】；在右侧的摊位可以购买道具。
一直向右走，到码头，可以在下图位置获得【贝壳之铃】。拾取后，回到宝可梦中心，从宝可梦中心右边的路向上走。
到了下图的岔路，向左边的台阶脚下可以拾取【万灵药】，然后向右走（左边是列车车站，没收集品）。
来到道馆门口，不要急着进去，而是向右继续走。
下了台阶后，向左走，到达钓鱼台，在红圈处拾取【捕网球*5】。
拾取后，向右走，在垃圾桶旁边可以拾取【好伤药*2】。
在灯塔下面会见到水系道馆馆主露璃娜，对话会获得她的联盟卡。获得之后，在灯塔后防的死角获得【招式学习器82“电网”】。至此水舟镇全道具收集完毕，准备进入水系道馆，进行挑战。
水舟竞技场
进入竞技场后，还是和精灵球脑袋的大哥对话，获得【诱饵球】。
之后就可以开始挑战道馆任务了，下面是解谜关卡，这个解谜关卡分为红色、黄色、蓝色按钮，每按下一次，出水口就会变动一次。
第一步：向右走，按下1号红色按钮，走到1号黄色按钮处按下1号黄色按钮，返回再按下1号红色按钮，之后沿着箭头走到2号红色按钮处。
第二步：前往2号黄色按钮处按下2号黄色按钮，绕回2号红色按钮并按下，沿着箭头一直向左走走到尽头。
第三步：到尽头后一直向下走，按下3号黄色按钮，然后去按3号红色按钮，最后按1号蓝色按钮，就可以完成水系道馆的挑战了。
完成道馆任务后，就可以见到关注露璃娜了，露璃娜全部都是水系宝可梦，利用草系和电系精灵可以轻松战胜。
露璃娜宝可梦信息如下：
| 地区 | 道馆 | 徽章 |
|---|---|---|
| 舟镇 | 水舟竞技场 | 40px水之徽章 |
| 馆主 | 属性 | 宝可梦 |
| 露璃娜 | 水 | 角金鱼（22级） 刺梭鱼（23级） 暴噬龟（24级） |
战胜露璃娜之后获得绿之徽章和【招式学习器36“潮旋”】、【水之套装】，就可以捕捉30级以下的宝可梦，控制40级以下的宝可梦了。
从道馆出来，就会遇到洛兹的秘书奥莉薇，她告诉主角会长已经在防波亭海鲜餐厅等待主角了，并且给予主角【洛兹的联盟卡】，这时就可以去宝可梦中心右边的防波亭海鲜餐厅找到会长了。
到了餐厅发现索妮亚也在，几人开始吃饭，洛兹希望索妮亚去拳关市的宝物库了解关于极巨化的信息。之后洛兹就离开了，索妮亚也送给主角【招式学习器79“报仇”】。
出门之后就会遇到赫普，他告诉主角接下来要回到机擎市挑战火属性道馆馆主卡芜，并且透露的卡芜在第二矿山特训的小道消息。所以现在要穿过第二矿山前往机擎市。
这时可以去狂野地带的瞭望塔旧址、美纳斯湖北岸进行宝可梦的捕捉了。
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