冥滩
在末日来临前，人类社会科技高度发达，利用覆盖全国的无线网络，将生活在不同地区的人民紧密相连。一位名为布丽吉特的女子在手术中经历了濒死体验，首次发现“冥滩”的存在，她的肉体（赫）和灵魂（卡）一分为二，成为拥有引发末日能力的灭绝体，分离出来的灵魂便是亚美莉。
不久之后，全球各地开始出现离奇的“虚爆”现象，科学家发现一种被命名为“开罗尔”的全新物质，迅速扩散到大气之中，阻断了一切通讯信号，并频繁引发能够让加速物体老化的“时雨”，人类社会因此分崩离析，幸存者们被迫迁徙至地下生活。
布丽吉特想用“冥滩”帮助人类避免灭绝，便成立布里吉斯公司，与克罗福（拔叔）一同研究BB和开罗尔网络，试图重新恢复人们之间的连接。当她发现自己的使命是毁灭世界，决定杀死察觉真相的克里福，却不小心误杀BB实验体原型——这个BB就是本作的主角山姆。
亚美莉不忍看到BB惨死，便在冥滩用灭绝体的能力将他复活，打破了生与死的界限，因此引发第一次死亡搁浅现象，导致BT入侵现实世界。布丽吉特收养了复活的山姆，并利用BB实验数据研制出探测器，与亚美莉分别前往各地重建网络，并自称为美国的新总统。
后来布丽吉特患上癌症，世界状况愈发糟糕，心灰意冷的亚美莉故意被恐怖分子组织——极端狂人抓住，实际上却希望世界加速灭亡。濒死的布丽吉特找到山姆，希望他去寻找亚美莉，完成重建美国的使命，游戏就此展开。
在故事的最后，洞悉一切真相的玩家（山姆）可以选择让亚美莉直接毁灭世界，也可以让她暂时不要发动死亡搁浅，看看人类能否顽强生存下去。
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