从“旅途伊始”、“神秘的宝可梦”、“前往桌台市”、“抵达学院”、“学院课堂一”开始到“击败仙后”、“冠军之路-挑战联盟”、“归乡之路”结束，完整剧情顺序如下图所示。【朱/紫】为开放世界，玩家可以在地图内自由探索，“传说之路、冠军之路、星尘之路”三条路线均可成为贯穿本作剧情的主线，没有固定的攻略顺序，在等级相差不大能够通关的情况下可以自由选择。
冠军之路：与前作类似，打完八个道馆最终成为冠军的路线；传说之路：击败宝主宝可梦，获得特殊调味料并解锁封面神兽骑乘能力的路线；星尘之路：挑战潜藏在学校的反派天星队（类似火箭队）并最终击败BOSS的路线。
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在宝可梦朱紫中，伊布的八种进化形态实力排名分为四个梯队，如下所示：
在《宝可梦朱紫》中一共有8只准神，其中没有计算包含悖论种形态和未进化形态只按最终形态算。8只准神具体介绍如下：
1、在宝可梦朱紫中，暴鲤龙是一只水属性与飞行属性的宝可梦，特性是威吓，图鉴编号是#135，暴鲤龙推荐配招是【咬碎 龙之舞 攀瀑 冰冻牙】，这套招式可以大大增强宝可梦的作战与输出能力
1、在宝可梦朱紫中，多龙梅西亚是一只龙与幽灵属性的宝可梦，弱点是冰、幽灵、龙、恶和妖精属性，其推荐配招是【龙尾 流星群 替身 咬住】，这套招式可以大大增强宝可梦的作战与输出能力。
打开地图，然后找到红光闪烁的黑色问号，或者在地图中找到出现宝可梦外形的地区，这些都是出现宝可梦大量的提示。
宝可梦：朱/紫中野蛮鲈鱼无法进化。
圈圈熊在满月的夜晚使用泥炭块进化为月月熊，月月熊无法再进化。
1、在宝可梦朱紫中，烈空坐是一只龙与飞行属性的宝可梦，特性是气闸，其推荐招式搭配是【破坏光线 逆鳞 暴风 龙之波动】，这套招式可以大大增强烈空坐的作战与输出能力。
信使鸟的商店购买，打开地图，来到桌台市左侧的位置。
1、路卡利欧的性格推荐固执/开朗，特点精神力量，推荐配招：飞膝踢 咬碎 冷冻拳 神速/火花踢/岩崩；剑舞 飞膝踢 咬碎 冷冻拳/火花踢/岩崩/神速/神速。
