序章——登校日、岩系宝主、虫系道馆、草系道馆、飞行宝主、恶系帮班、电系道馆、火系帮班、钢系宝主、水系道馆、毒系帮班、一般道馆、幽灵道馆、地面宝主、超能道馆、冰系道馆、妖精帮班、龙系宝主、格斗帮班、精灵联盟(冠军之路)、传说之路、星辰之路、冠军之路、归乡。
主线总共包含三条路线:传说之路、冠军之路、星尘之路。冠军之路:与前作类似,打完八个道馆最终成为冠军的路线;传说之路:击败宝主宝可梦,获得特殊调味料并解锁封面神兽骑乘能力的路线;星尘之路:挑战潜藏在学校的反派天星队(类似火箭队)并最终击败BOSS的路线。
【朱/紫】为开放世界,玩家可以在地图内自由探索,以上三条路线均可成为贯穿本作剧情的主线,没有固定的攻略顺序,在等级相差不大能够通关的情况下可以自由选择。
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