二周目比一周目多了评定系统，道馆馆主和天星队BOSS平均等级更高，可以获得大师球，可以捕捉故勒顿和密勒顿等等
1、二周目解锁评定系统，与宝可梦中心的姐姐交谈，即可查看宝可梦个体值的评定系统。
2、二周目可与道馆馆主和天星队BOSS再次战斗，第二次战斗时他们的平均等级都在Lv65，比一周目强很多。
3、二周目解锁校内最强大赛「激斗校园大战」，可以与各道馆馆主、劲敌（妮莫）、派帕等本作中登场过的主要NPC对战。
4、二周目再次前往第零区的最深处，可以看到故勒顿和密勒顿的战斗形态，与其战斗即可捕捉。
5、二周目会出现古代种/未来种的宝可梦。
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在宝可梦朱紫中，伊布的八种进化形态实力排名分为四个梯队，如下所示：
在《宝可梦朱紫》中一共有8只准神，其中没有计算包含悖论种形态和未进化形态只按最终形态算。8只准神具体介绍如下：
1、在宝可梦朱紫中，暴鲤龙是一只水属性与飞行属性的宝可梦，特性是威吓，图鉴编号是#135，暴鲤龙推荐配招是【咬碎 龙之舞 攀瀑 冰冻牙】，这套招式可以大大增强宝可梦的作战与输出能力
1、在宝可梦朱紫中，多龙梅西亚是一只龙与幽灵属性的宝可梦，弱点是冰、幽灵、龙、恶和妖精属性，其推荐配招是【龙尾 流星群 替身 咬住】，这套招式可以大大增强宝可梦的作战与输出能力。
打开地图，然后找到红光闪烁的黑色问号，或者在地图中找到出现宝可梦外形的地区，这些都是出现宝可梦大量的提示。
宝可梦：朱/紫中野蛮鲈鱼无法进化。
1、在宝可梦朱紫中，烈空坐是一只龙与飞行属性的宝可梦，特性是气闸，其推荐招式搭配是【破坏光线 逆鳞 暴风 龙之波动】，这套招式可以大大增强烈空坐的作战与输出能力。
圈圈熊在满月的夜晚使用泥炭块进化为月月熊，月月熊无法再进化。
信使鸟的商店购买，打开地图，来到桌台市左侧的位置。
1、路卡利欧的性格推荐固执/开朗，特点精神力量，推荐配招：飞膝踢 咬碎 冷冻拳 神速/火花踢/岩崩；剑舞 飞膝踢 咬碎 冷冻拳/火花踢/岩崩/神速/神速。
